1) Habilitar a configuração do Sistema WorkMotor
Acesse o Menu Utilitários >> Configuração do Sistema >> Preferencias Padrões - 2 >> 2ª LINHA >> 4º CAMPO >> CALCULA R$ ICMS COM R$ FRETE? = SIM.
2) Configurar a natureza da operação para calcular frete

2.4) Confirme a alteração e gere a nota fiscal novamente.